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把你的shiny網(wǎng)頁工具部署在云服務(wù)器

分類：云服務(wù)資訊 編輯：互聯(lián)網(wǎng)觀察 瀏覽量：625
2020-07-20 13:33:06
之前我在生信菜鳥團(tuán)已經(jīng)發(fā)布的：購買入門級服務(wù)器免費(fèi)送Linux直播培訓(xùn)服務(wù) ，提到了可以每個(gè)月花幾塊錢購置一款《1核2G服務(wù)器》標(biāo)準(zhǔn)品，既可以練習(xí)Linux命令，也可以打搭建一個(gè)博客：五分鐘搞定你的個(gè)人博客，還可以做圖床，或者隧道。然后浙大博士發(fā)掘了這個(gè)《1核2G服務(wù)器》的另外一個(gè)用途，分享給大家。以下是投稿緣由我們課題組有一份油菜的核心種質(zhì)資源，前幾年經(jīng)重測序之后已經(jīng)發(fā)表了。但是課題組后面很多的項(xiàng)目都基于這份核心種質(zhì)資源，實(shí)驗(yàn)室成員常常需要檢索分析某些基因的特定SNP，所以我在自學(xué)了一段時(shí)間的Shiny之后就嘗試著搭建了一個(gè)Shiny app并利用Shiny-server部署在課題組的服務(wù)器上，但是由于我開發(fā)的這個(gè)Shiny app本來就打開比較慢，加上很多時(shí)候服務(wù)器負(fù)荷運(yùn)行，導(dǎo)致Shiny app打開速度就更慢了，有的時(shí)候甚至加載時(shí)間過長直接打不開。恰巧我緊跟生信技能樹推文更新，了解到可以搞個(gè)云服務(wù)器來部署Shiny應(yīng)用。購買服務(wù)器一開始@思考問題的熊建議我利用RStudio的Shinyapp.io部署Shiny應(yīng)用，看名字就知道這是RStudio專門開發(fā)的用于部署Shiny應(yīng)用的一個(gè)服務(wù)器，有免費(fèi)版也有企業(yè)版的，對于我來說免費(fèi)版的就足夠了，具體使用可以參考官方手冊，我這里不講，因?yàn)槲业膽?yīng)用無法部署上去，我使用到的一個(gè)包genetics顯示來源有問題，不兼容。具體就是這個(gè)包我是從CRAN安裝的，但是利用rsconnect檢測的時(shí)候顯示genetics的來源是BioConductor，這就很尷尬了，Google發(fā)現(xiàn)很多用戶都遇到個(gè)類似的問題，有的解決辦法是從GitHub上安裝繞過了這個(gè)問題，genetics好像不能通過GitHub安裝，所以沒辦法只能棄之，自己購買一個(gè)云服務(wù)器進(jìn)行部署。服務(wù)器產(chǎn)商很多，國外的AWS我也嘗試注冊過，它提供為期一年的免費(fèi)試用，但是注冊激活的時(shí)候需要填信用卡信息，我沒有，只能放棄，轉(zhuǎn)向國內(nèi)的云服務(wù)器。國內(nèi)的服務(wù)器主要有阿里云aliyun、騰訊云Tencent Cloud以及華為云HUAWEI CLOUD等，生信技能樹也專門寫了推文介紹，有需要的朋友關(guān)注生信技能樹看推文哈！我最后選了阿里云，先進(jìn)入阿里云,注冊登錄，然后學(xué)生認(rèn)證。我直接購買了一年的學(xué)生套餐，瞄了一眼，發(fā)現(xiàn)還能領(lǐng)個(gè)20元的優(yōu)惠券：最后94元就買一年的最低配（1核2G，1M帶框，40G云盤）的服務(wù)器，我主要是用來部署服務(wù)器，所以容易足夠了。地域選擇的話我選了華東（杭州），我不記得在哪看了篇博客，里面測試發(fā)現(xiàn)不同區(qū)域之間差別不大，所以我也沒糾結(jié)，就選了所在城市地域。系統(tǒng)我就選了Ubuntu16.04 64位（好像只有這一個(gè)Ubuntu版本可選）購買之后進(jìn)入控制臺，里面有云服務(wù)器的詳細(xì)信息，對我最有用的話就是有個(gè)公網(wǎng)IP了，這樣我的Shiny app全世界都能訪問了！配置服務(wù)器有了云服務(wù)器就能各種折騰了，我已經(jīng)折騰過好幾臺服務(wù)器了，所以比較順利就安裝配置好了部署環(huán)境，新手的話參考生信技能樹的帖子：如果有一個(gè)新的服務(wù)器你會做什么？，基本能順利地走通。我這里就只講一下安裝Shiny-server，默認(rèn)你已經(jīng)安裝了R語言以及Shiny包：首先進(jìn)入官網(wǎng)下載，里面有詳細(xì)的安裝方法：sudo apt-get install gdebi-corewget https://download3.rstudio.org/ubuntu-14.04/x86_64/shiny-server-1.5.14.948-amd64.debsudo gdebi shiny-server-1.5.14.948-amd64.deb安裝好之后，會自動(dòng)創(chuàng)建shiny用戶。需要注意的是，你購買的云服務(wù)器你進(jìn)去之后實(shí)際上是root用戶登錄的，我一開始部署的時(shí)候由于安裝的包都是root用戶安裝的，所以就修改了配置問題，用root用戶運(yùn)行Shiny-server，開始的時(shí)候運(yùn)行正常，后面突然莫名其妙就運(yùn)行不了，所以我最后不得不將所有R包都刪了，然后以shiny用戶登錄。shiny用戶登錄好之后，我先進(jìn)行了一下設(shè)置，主要是R語言以及shiny-server設(shè)置：# vi .RprofileSys.setenv(LANG="en_US.UTF-8")options=(repo = c(CRAN = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")# vi .RenvironR_LIBS=/home/shiny/R_Library然后shiny-server配置文件如下：# Instruct Shiny Server to run applications as the user "shiny"preserve_logs true;sanitize_errors false;run_as shiny;# Define a server that listens on port 3838server { listen 3838; # Define a location at the base URL location / { # Host the directory of Shiny Apps stored in this directory site_dir /srv/shiny-server; # Log all Shiny output to files in this directory log_dir /var/log/shiny-server; # When a user visits the base URL rather than a particular application, # an index of the applications available in this directory will be shown. directory_index on; }}然后就是安裝各種需要用到的R包了，這里不講，網(wǎng)上教程太多了，ubuntu學(xué)徒安裝R包失敗可以肯定的是遇到各種依賴缺失的問題，這個(gè)時(shí)候就Google或者百度了，缺啥補(bǔ)啥！需要注意的是，由于我購買的是最低配的服務(wù)器，所以有些需要編譯的R包有時(shí)候會由于內(nèi)存不足，編譯安裝失敗，這個(gè)時(shí)候我的建議是多安裝幾次，總會成功的！所有準(zhǔn)備環(huán)境準(zhǔn)備好了之后，就可以將Shiny app文件上傳到/srv/shiny-server目錄里面，可能需要修改目錄所屬權(quán)限：sudo chown -R shiny:shiny shiny-server剩下就差最后最后一步了，云服務(wù)器多了個(gè)安全組，需要進(jìn)入控制臺進(jìn)行設(shè)置：（左邊側(cè)欄）網(wǎng)絡(luò)與安全-安全組，進(jìn)入之后手動(dòng)添加開通3838端口就行了。此時(shí)瀏覽器打開 http://公網(wǎng)ip:3838/app名 就可以看到自己部署的應(yīng)用了！我這次部署了兩個(gè)應(yīng)用 http://121.41.229.126:3838/bnasnpdb 和 http://121.41.229.126:3838/gwas ，目前運(yùn)行良好，打開速度也還行！以上是我這次云服務(wù)器部署shiny app的經(jīng)驗(yàn)，由于一開始沒打算記錄下來，現(xiàn)在信息大爆炸時(shí)代，技術(shù)分享實(shí)在太多了，但是@jimmy說每個(gè)人的故事都不一樣，所以我就事后回憶記錄一下，如果能幫助到其他人就最好了！限于本人能力，里面肯定有很多不足的地方。文末友情推薦要想真正入門生物信息學(xué)建議務(wù)必購買全套書籍，一點(diǎn)一滴攻克計(jì)算機(jī)基礎(chǔ)知識，書單在：什么，生信入門全套書籍僅需160 。如果大家沒有時(shí)間自行慢慢摸索著學(xué)習(xí)，可以考慮我們生信技能樹官方舉辦的學(xué)習(xí)班：數(shù)據(jù)挖掘?qū)W習(xí)班第5期（線上直播3周，馬拉松式陪伴，帶你入門），原價(jià)4800的數(shù)據(jù)挖掘全套課程， 疫情期間半價(jià)即可搶購。生信爆款入門-第7期（線上直播4周，馬拉松式陪伴，帶你入門），原價(jià)9600的生信入門全套課程，疫情期間3.3折即可搶購。如果你課題涉及到轉(zhuǎn)錄組，歡迎添加一對一客服：詳見：你還在花三五萬做一個(gè)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組嗎？

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